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個室隔離であっても必要ならCT撮りに外へ出たりはします。
必ず検査は最後にしてもらって、他の患者との接触を極力避ける。むしろMRSAが出たからリハビリをやめるという選択は医療として本末転倒に思います。
選択肢も別に「訓練室で継続」とは書いてないし、臨床では医師が「継続！」と言ったら理学療法士さんたちの判断で病室でやるとかアイデア出してくれます。